Les guerres entre clans, tribus, nations, communautés religieuses ou groupes ethniques différents ont été la règle à travers les époques et les civilisations, dans la mesure où elles s'enracinent dans les questions identitaires. Ces conflits traduisent les particularismes et ne soulèvent pas de problèmes idéologiques ou politiques plus larges susceptibles d'intéresser directement des non-participants, bien qu'ils puissent, pour des groupes extérieurs, représenter un sujet d'inquiétude sur le plan humanitaire. Ces affrontements tendent à être très violents et sanglants parce qu'ils mettent en jeu des questions fondamentales d'identité. En outre, ils ont tendance à traîner en longueur ; il arrive qu'ils soient entrecoupés de trêves ou d'ententes, mais en général ces dernières ne durent pas, et les combats reprennent. D'autre part, en cas de victoire militaire décisive de l'un des deux camps, les risques de génocide sont plus élevés lorsqu'il s'agit d'une guerre civile identitaire.
Les conflits civilisationnels sont des conflits communautaires entre États ou groupes appartenant à des civilisations différentes. Des guerres civilisationnelles résultent de ces conflits. Elles peuvent éclater entre États ainsi qu'entre groupes non gouvernementaux. Les conflits civilisationnels au sein d'un même État peuvent impliquer des groupes qui sont majoritairement localisés dans des zones géographiques distinctes, auquel cas le groupe qui n'a pas le contrôle du gouvernement se bat en général pour obtenir l'indépendance et peut éventuellement se montrer prêt à accepter des compromis. Les conflits civilisationnels au sein d'un même État peuvent également impliquer des groupes qui sont géographiquement mélangés, auquel cas ce sont des relations perpétuellement tendues qui dérapent de temps en temps vers la violence, comme cela se produit entre hindous et musulmans en Inde ou entre musulmans et Chinois en Malaisie, ou encore cela peut donner lieu à des combats à proprement parler, notamment lorsque ce sont la définition même et les frontières d'un nouvel État qui sont en jeu, ainsi qu'à des tentatives brutales pour séparer les peuples par la force.
Les conflits civilisationnels sont parfois des luttes pour le contrôle des populations. Mais, le plus souvent, c'est le contrôle du sol qui est en jeu. Le but de l'un des participants au moins est de conquérir un territoire et d'en éliminer les autres peuples par l'expulsion, l'assassinat ou les deux à la fois, c'est-à-dire par la « purification ethnique ». Ces conflits ont tendance à être violents et cruels, les deux camps se livrant à des massacres, des actes terroristes, des viols et des tortures. Le territoire en jeu représente souvent, pour l'un ou l'autre des deux camps, un symbole historique et identitaire très marqué, une terre sacrée sur laquelle ils estiment avoir des droits inaliénables : ainsi la Cisjordanie, le Cachemire, le Nagorny-Karabakh, la vallée de la Drina ou le Kosovo.
Les guerres civilisationnelles présentent un certain nombre de points communs avec l'ensemble des guerres communautaires. Ce sont des conflits qui s'éternisent. Lorsqu'ils ont lieu au sein d'un même État, ils durent en moyenne six fois plus longtemps que les guerres entre États. Comme ils mettent en jeu des questions fondamentales d'identité et de pouvoir, on a du mal à les résoudre par des négociations ou des compromis. Lorsque l'on parvient à un accord, il n'est pas rare que certaines des parties d’un camp donné refusent d'y souscrire. L'accord dure alors d'autant moins longtemps. Les guerres civilisationnelles sont des guerres intermittentes qui peuvent passer de la violence la plus aiguë à la guérilla la plus larvée et à l’hostilité la plus latente, pour se rallumer ensuite brutalement. Il est rare que les brasiers des haines communautaires soient totalement éteints, sauf par le génocide. Du fait de leur tendance à traîner en longueur, les guerres civilisationnelles, tout comme les autres guerres communautaires, produisent en général de grands nombres de victimes et de réfugiés...
Nombre de ces guerres contemporaines sont simplement le dernier chapitre d'une longue histoire marquée par des conflits sanglants, et la violence de cette fin de XXe siècle a résisté aux efforts pour y mettre fin de manière définitive. Au Soudan, par exemple, les combats ont éclaté en 1959, se sont prolongés jusqu'en 1972, lorsqu'on est parvenu à un accord qui garantissait une autonomie relative du sud du Soudan, mais ils ont repris en 1983. La rébellion des Tamouls au Sri Lanka a commencé en 1983 ; les négociations de paix pour y mettre un terme se sont interrompues brutalement en 1991, mais elles ont repris en 1994, et on est parvenu à un accord de cessez-le-feu en janvier 1995. Quatre mois plus tard, les Tigres insurgés ont rompu la trêve et se sont retirés des pourparlers de paix, si bien que la guerre a repris avec une violence redoublée. La rébellion des Moros aux Philippines a commencé au début des années soixante-dix et s'est calmée en 1976 après que l'on eut conclu un accord qui garantissait l'autonomie à certaines régions de Mindanao. Mais, en 1993, les explosions de violence n'étaient pas rares et allaient en s'aggravant, après que les groupes insurgés ont rejeté l'ensemble du processus de paix. Les dirigeants russes et tchétchènes sont parvenus à un accord sur la démilitarisation en juillet 1995 afin de mettre un terme aux hostilités qui avaient commencé au mois de décembre précédent. La guerre s'est interrompue pour quelque temps, mais elle a repris à l'occasion des attaques tchétchènes contre des personnalités dirigeantes russes et prorusses, suivies de représailles russes, de l'incursion tchétchène au Daghestan en janvier 1996 et de l'écrasante offensive russe début 1996.
Les guerres civilisationnelles partagent avec les autres guerres communautaires les traits suivants : longueur dans le temps, niveau de violence élevé et ambivalence idéologique. Elles en diffèrent toutefois à deux égards.
Tout d'abord, les guerres communautaires peuvent éclater entre groupes ethniques, religieux, raciaux ou linguistiques. Comme la religion est la principale caractéristique identitaire des civilisations, les guerres civilisationnelles ont presque toujours lieu entre peuples appartenant à des religions différentes. Certains observateurs minimisent l’importance de ce facteur. Ils insistent, par exemple, sur les facteurs ethniques, la langue commune, la coexistence pacifique dans le passé et le nombre élevé de mariages croisés entre Serbes et musulmans en Bosnie, et ils écartent le facteur religieux en faisant référence à ce que Freud appelait « le narcissisme des petites différences ». Toutefois, ce point de vue est naïf. L'histoire, depuis des millénaires, prouve que la religion n'est pas une simplement une « petite différence », mais la différence entre les peuples la plus profonde qui soit. La fréquence, l'intensité et la violence des guerres civilisationnelles sont nettement aggravées par les différences de foi religieuse.
D'autre part, les autres guerres communautaires sont relativement localisées et présentent peu de risques de s'étendre jusqu'à impliquer d'autres participants. En revanche, les guerres civilisationnelles éclatent, par définition, entre groupes qui font respectivement partie d'ensembles culturels plus larges. Dans un conflit communautaire ordinaire, le groupe A se bat contre le groupe B. Les groupes C, D et E n'ont aucune raison de s'impliquer, sauf si A ou B attaque directement leurs intérêts. Inversement, dans une guerre civilisationnelle, le groupe A1 se bat contre le groupe B1, et chacun des deux tente d'étendre la guerre et d'obtenir le soutien de ses proches « parents » à savoir A2, A3 et A4 d'une part, B2, B3 et B4, d'autre part. Ces derniers à leur tour s'identifient à leur « parent ». L'extension des transports et des communications dans le monde moderne a contribué à mettre en place de telles connections, et donc à « internationaliser » les guerres civilisationnelles. Les migrations ont donné naissance à des diasporas dans des tierces civilisations. Les communications permettent plus facilement aux parties en présence d'appeler à l'aide, et à leurs « proches parents » d'apprendre immédiatement ce qui arrive à leurs alliés. Le rétrécissement de la planète permet ainsi aux « groupes apparentés » de fournir un soutien moral, diplomatique, financier et matériel aux parties en présence.
Samuel P. Huntington, Le choc des civilisations (1996)